內毒素的成分不同可使細菌表現型存在三種形式，即光滑型菌落、粗糙型菌落以及中間型菌落（亦稱黏液型菌落）。核心多糖成分減少或缺損時細菌培養菌落外觀表現粗糙，故稱為粗糙型變異株（rough-LPS，R），可根據其核心多糖缺損的程度不同分別稱為Rb-LPS，Rc-LPS，Rd-LPS，Re-LPS，如圖1-3所示。

光滑型菌落的大腸桿菌LPS電鏡為細長索狀結構，粗糙型大腸桿菌LPS則以圓形結構多見，因其糖鏈長度不同而產生不同的空間位阻效應，影響機體免疫細胞對LPS和CNB的識別和吞噬，從而使宿主對其產生不同的免疫效應，影響機體對細菌的清除。

粗糙型糖鏈短，易被吞噬細胞所吞噬，如職業性吞噬細胞：中性粒細胞、巨噬細胞，其易清除粗糙型細菌；而光滑型糖鏈長，存在空間位阻作用，不易被吞噬細胞吞噬和補體所結合，易逃避機體對其免疫反應。